A origem da família Pumacahua remonta aos tempos pré-colombianos, quando o Império Inca governava a região dos Andes. Acredita-se que Pumacahua seja um dos muitos nomes de família que se originaram durante esse período. Durante a conquista espanhola do Peru, o líder indígena José Gabriel Condorcanqui, conhecido como Tupac Amaru II, se aliou à família Pumacahua em sua luta contra o domínio espanhol. O líder indígena também adotou o sobrenome Pumacahua em honra à aliança com a família. Mais tarde, durante a guerra de independência peruana no início do século XIX, outro líder indígena chamado Juan Pumacahua lutou ao lado das forças patrióticas lideradas por Simón Bolívar. Hoje em dia, existem muitas pessoas com o sobrenome Pumacahua em todo o Peru e em outras partes do mundo, e a família é reconhecida como uma das mais importantes e influentes do país.