Não há consenso sobre a origem do nome Macaé. Algumas teorias apontam para origens indígenas, como "mbaracá" ou "mbaracá-y", que significa "lugar onde se fazem as flechas" em tupi-guarani, ou ainda "mocay", que significa "rio dos macacos" em línguas nativas da região. Outra teoria é que o nome pode ter sido derivado do termo português "macaé", que significa "pote de barro para cozinhar comida".