O nome Maracaju tem origem na língua Guarani e significa "casa do papagaio". "Maracá" é o nome dado ao instrumento musical indígena que parece com um chocalho, enquanto "ju" significa "casa" ou "morada". Portanto, Maracaju é "a casa do maracá". O nome faz referência à grande quantidade de aves da região, principalmente os papagaios.