O nome Mendonça é de origem portuguesa e tem significado incerto. Algumas fontes apontam que pode ter origem no latim "dominus", que significa senhor ou dono, enquanto outras sugerem que o sobrenome pode ter origem no árabe "mudamça", que significa mudança ou troca. Há também uma teoria que o sobrenome tem origem na cidade portuguesa de Mendonça, que fica na região norte do país.