O nome João Rafael é formado pela junção de dois nomes próprios. João é um nome de origem hebraica que significa "Deus é cheio de graça" e Rafael é um nome de origem hebraica que significa "Deus cura". Portanto, o significado do nome João Rafael é "Deus é cheio de graça e cura". É um nome que remete à fé e à esperança em Deus.