O nome João Francisco é composto por dois nomes próprios de origem hebraica e latina, respectivamente. João vem do hebraico Yohanan, que significa "Deus é gracioso" ou "Deus é misericordioso". Já Francisco vem do latim Franciscus, que significa "francês", "livre" ou "desprendido". Dessa forma, o significado do nome João Francisco pode ser interpretado como "aquele que é abençoado por Deus e é livre".