Não há consenso sobre o significado exato do nome Jhonnatan. Alguns acreditam que o nome é uma variação do nome bíblico Jonathan, que significa "dado por Deus", enquanto outros acreditam que é um nome derivado do inglês Johnathan, que significa "dado por Deus". Em ambos os casos, o nome sugere uma conexão com a espiritualidade e pode ser interpretado como um indicativo de que a pessoa que o carrega é confiável, generosa e compassiva.