Não há uma definição clara e confiável do significado do nome "Itajara". Algumas fontes sugerem que o nome pode ter origem indígena e significar "pedra que corta a água" ou "rio com pedras", referindo-se possívelmente à presença de rochas no curso d'água. No entanto, não há consenso sobre essa interpretação e outras possibilidades também são aventadas.