Não há consenso sobre o significado exato do nome Arujá. Alguns estudiosos afirmam que ele deriva da língua tupi-guarani, e significa "muitas formigas", referindo-se à presença abundante desses insetos na região. Outros afirmam que o nome vem do termo "Arira", também de origem tupi-guarani, que significa "caminho das águas", fazendo referência aos rios que atravessam a cidade.