Não há consenso sobre o significado exato do nome Aliseu. Algumas fontes apontam que o nome tem origem hebraica e significa "Deus é o meu juramento". Outras fontes indicam que o nome é de origem grega e significa "o que move os ventos", uma referência ao personagem mitológico Alísio, responsável por ventos constantes que sopram na região do Mediterrâneo. Outra possibilidade é que o nome tenha origem fenícia e signifique "aquele que é rápido".