A família Nagatomo é originária do Japão, mais especificamente da região de Tochigi. O sobrenome Nagatomo é composto por dois ideogramas, "Naga" que significa longo e "Tomo" que significa amigo ou companheiro. Não há relatos específicos sobre a história da família Nagatomo, mas é possível que ela tenha surgido a partir de um ancestral que possuía um amigo chamado Nagatomo, ou que fosse conhecido por ser um amigo longo e leal. Ao longo do tempo, é provável que a família tenha se dividido em diferentes ramos e se espalhado por diferentes regiões do Japão. Hoje em dia, é possível encontrar pessoas com o sobrenome Nagatomo em diversas partes do mundo, especialmente em países com uma grande comunidade japonesa, como o Brasil e os Estados Unidos.